金日成综合大学是在绝世伟人们的深切关怀下建立并发展壮大的党和领袖的大学,是培养民族干部的中心基地、科学教育的最高学府。
伟大领袖金日成同志将教育工作和培养民族干部工作视为关系到国家存亡和民族命运的国家头等大事，在解放后百废待兴、国家建设任务繁重的情况下，亲自倡议创办一所综合大学，并对筹备建校事宜给予高度关注。
于1945年11月，由民主人士和教育界人士组成的建校筹备会正式成立，于1946年5月，还采取国家措施组织综合大学创立筹委会。
伟大领袖为了解决教师问题，以自己的名义向全国各地的教员、学者颁发聘书，还指示制定学生选拔标准，并设立预科，以使综合大学成为革命烈士子女和劳动人民的子女尽情学习的人民大学。在伟大领袖的关怀下，平壤市最好最大的建筑都用作大学的教学楼、宿舍楼和食堂。
金日成综合大学把1946年10月1日作为自己的校庆日来纪念。
我国人民给新朝鲜的第一所大学郑重地冠以我们民族的英雄、卓越的爱国者金日成同志的尊命。
大学创立当时，金日成综合大学设有文学系、法学系、理学系、工学系、农学系、医学系、铁路工程系等7个学系、24个学科、30个班级。都相禄、朴始亨、金秀景、金光进、金席亨、元洪九、申九贤、桂应祥、任禄宰等68名优秀的学者登上了综合大学的第一个讲台，当时学生人数达1500多人。
自1946年12月起，每个季节都为学生置办校服，自1947年9月起发放助学金，以使学生不愁学费，专心学习。学生的校服款式和帽徽图案也是伟大领袖亲自制定和加以完成的。每年还对综合大学的教员发给衣装和优待物资，于1949年6月，在大学附近盖起了教师住宅。
到了1948年，金日成综合大学的教育科学基础得到更加巩固。
1948年7月，金日成综合大学的工学系和运输工学系都独立为平壤工业大学(今金策工业综合大学)，医学系独立为平壤医科大学，农学系独立为元山农业大学。1947年5月设立研究院，1948年2月开始附设夜大学，1948年9月成立了函授师范大学，从而为培养更多民族干部打下了基础。
1949年新学年开始时，大学已拥有了10个系、170余名教师、3200余名学生。1948年9月，大学产生了桂应祥、元洪九等第一批学位学衔获得者。
1948年10月10日，在龙南山岗上，新建教学大楼的落成典礼在伟大领袖出席下隆重举行。
1949年12月28日，金日成综合大学毕业出第一届学生(物理科13名、数学科6名)，伟大领袖出席第一届毕业典礼，向首届毕业生表示祝贺。
1950年6月25日，祖国解放战争爆发后,大学的许多教师、学生和研究生毅然离开校园，踊跃奔赴前线,部分师生被派到解放的地区去参加政治工作队。
1950年6月30日，在战争的烈火中，举行了第二届毕业典礼，271人毕业。
在伟大领袖金日成同志的英明领导下，金日成综合大学在战火纷飞的困难条件下也没有中断过教育科学工作。
伟大领袖展望胜利的祖国未来，于1951年6月和1952年1月，相继采取重大措施将在前线抗战的大学生召回母校。因此，400多名大学生战斗员返回母校，1951年7月开设大学特设预科，11月重新开始了大学教学工作。
伟大领袖金日成同志于1952年4月来到坐落在栢松里(当时平安南道顺川郡慈山面栢田里)的金日成综合大学,指明了大学的战时工作方向,还绘制了战后恢复建设的辉煌蓝图。
于1952年12月28日，在栢松里举行了金日成综合大学第三届毕业典礼,共有253名学生毕业。
战争结束后,金日成综合大学在短期内完成教学楼和宿舍楼的恢复建设，随后搬到平壤正常进行教学工作。
1956年10月，时值大学建立10周年之际,重新制定了大学毕业徽章和学生徽章,并举行了第一届毕业生大会。
战后时期,金日成综合大学教职员工和学生承担西平壤体育场(金日成体育场)和大城山游园地等多个建设项目的恢复工程和建设工程，取得了可喜成就。
在这段时间里，大学大力展开在教育工作中树立主体，克服事大主义和教条主义的斗争，还新设了核物理教研室等各种教研室，同时，光学测仪器工厂建成投产，由此大学物质基础得到进一步加强。
从1954年起，金日成综合大学开始进行留学生教育。
自1960年9月至1964年3月，伟大领导者金正日同志在金日成综合大学开始进行革命活动，这是给金日成综合大学的发展带来新的全盛期的重要契机。
1960年9月1日,开学第一天，伟大领导者金正日同志在龙南山岗上慷慨激昂地朗诵了一首诗《朝鲜哟，我要为你争光》。
这首诗是伟大领导者金正日同志在时代和革命、祖国和人民面前所宣布的历史性誓言。
伟大将军虽然身为学生，却以任何人都无可比拟的非凡的思想理论睿智和科学的洞察力就我国革命和世界革命所面临的重大而紧迫的问题总是进行深刻而独到的分析，并予以科学的解答，而这些问题都涉及到政治、经济、军事、哲学、历史、文学艺术、教育等各个领域，这就使得不仅是学生，而且是教师也很想亲耳聆听他的教导，伟大领导者金正日同志可谓是一位伟大导师。
伟大领导者金正日同志在大学时期发表的著作涉及到社会的所有领域,其发表数量竟达1800余篇。
伟大领导者金正日同志在大学时期撰写的《关于重新审查三国统一问题》、《现代帝国主义的特点和侵略本性》、《我们党关于发展地方经济方针的正确性》、毕业论文《郡在社会主义建设中的地位和作用》等涉及各领域的科学论文，都是对我国革命和世界革命的发展具有巨大意义的论文，虽然过去了很多岁月，但至今仍具有巨大的生命力,清楚地证明了其正确性。
伟大领导者金正日同志在金日成综合大学就读期间，还亲自参加了平壤纺织机械制造所(当时的名称)的生产实习(1961年4月21日-5月8日)、卧山洞-龙城公路扩建工程(1961年5月15日-6月4日)和御隐洞的军事野营(1962年8月20日-10月4日)。
自1960年至2010年初，金日成综合大学进一步加强成为以对党和领袖的忠诚为第一生命的伟大领袖金日成同志的大学、伟大领导者金正日同志的大学，并成为培养革命人才的样板大学。
1968年9月,金日成综合大学在龙南山顶郑重建立了伟大领袖金日成同志的铜像，并在本楼修建了革命史迹馆。
物理系、数学力学系、哲学系、地质学系、自动化学系、能源科学系等各系分离出来或重新设立，从而，金日成综合大学发展成为更具有综合性的、更广泛的学问结构的大学。
20世纪80年代初，金日成综合大学具有10个学系和催化剂研究所等10多所独立研究所、200多个教研室和100多个研究室。
与远东联邦大学(俄罗斯)、延边大学(中国)、大阪经济法律大学(日本)等大学积极展开学术交流，并与莫斯科国立大学(俄罗斯)、北京大学(中国)、柏林洪堡大学(德国)、巴拿马大学(巴拿马)、圣马罗谷大学(秘鲁)等许多大学进行了图书交流活动。
在伟大领袖和伟大将军的细心指导和关怀下，1965年10月，一号教学楼得到完工，1970年，建成藏书能力为200万册的科学图书馆，1972年，二号教学楼得到完工。1989年，第13届世界青年学生联欢节前夕，建设了现代化的体育馆，1990年中期，值此大学成立50周年之际，大学占地面积变广，在此新建了宿舍楼。
伟大领导者金正日同志于1996年12月7日，对金日成综合大学进行现场指导时亲自阅览了教育科学成果资料,并作了纲领性教导，并同教育工作者一起合影留念，还观看了文艺小组的节目。
于2001年，大学建立了规模庞大的革命史迹碑。
自20世纪90年代末至2010年，法律系、自动化学系、朝鲜语文学系更名为法律学院、计算机科学学院、文学学院，并新设立财政学院、电子自动化学系、力学系、材料科学系，从而大学规模和教育内容变得更为宽广。
2001年成立了以培养世界一流学者为目的的社会科学研究院和自然科学研究院。2019年10月，法律学院、文学学院、财政学院、信息科学学院、山林学院、远程教育学院等学院成为法律系、朝鲜语文学系、财政金融学系、信息科学系、山林科学系、远程教育系。
2005年，伟大将军新制定塑造伟大领袖形象的金日成综合大学毕业证书和毕业徽章，颁发给所有的毕业生，给予了巨大的恩情。
于2009年，伟大将军在大学新建了现代化的游泳馆，于2010年，在本楼的原有位置上建设了现代化的电子图书馆，并亲笔题词，在题词中指明在金日成综合大学飞跃成为世界一流大学的过程中视为纲领性方针的、需要始终坚持的明确目标。自2009年3月至2010年4月，伟大将军在一年多的时间里4次来到综合大学，并对游泳馆、电子图书馆和教育科学展览馆进行现场指导。
敬爱的金正恩同志于2009年12月11日和2010年4月
12日陪同伟大领导者金正日同志来到综合大学进行现场指导。
2010年5月,平壤医科大学、桂应祥沙里院农业大学和平壤农业大学隶属于金日成综合大学理事会,于2019年10月再次分离出去。
随着迈入主体革命的新时代，金日成综合大学在敬爱的金正恩同志的温暖怀抱下，取得了名垂大学史册的新成果。
敬爱的金正恩同志根据革命发展的新要求，为了把金日成综合大学建设成为世界一流大学、我国教育科学研究中心、国际学术交流的据点，倾注了巨大的心血。
于2011年12月30日，敬爱的金正恩同志亲自过目金日成综合大学教师、研究人员呈献的书信，并亲笔题词，给予恩情，鼓舞大学教师和研究人员一致奋起投入建设世界一流大学。
于2013年10月1日，金日成综合大学隆重举行伟大领导者金正日同志的铜像揭幕典礼，而且新建的革命史迹馆也开馆了。
于2010年4月，敬爱的金正恩同志新制定塑造伟大领袖和伟大将军太阳像的金日成综合大学学生校徽，于2013年，亲自批准金日成综合大学徽章图案。
于2016年9月27日，敬爱的金正恩同志给金日成综合大学的全体师生致历史性书函，题为《关于主体革命的新时代金日成综合大学的基本任务》，向迎接大学成立70周年的大学全体教职员和学生表示热烈的祝贺，总结了大学走过来的70年历史，明确指出主体革命的新时代金日成综合大学前进的道路。
遵循伟大将军的遗训，敬爱的金正恩同志指示在金日成综合大学附近建设两栋高层教育工作者住宅，并亲自来到工地三次，予以深切的关爱，于2013年10月，给金日成综合大学的教育工作者分配了300余套高档住房。
2017年，兴建黎明大街后，再次把1700多套住房分配给金日成综合大学的教师、研究人员。2010年以来，大学兴建三号教学楼、四号教学楼、化学系教学楼、新宿舍楼和食堂，并展开对二号教学楼、宿舍楼，印刷厂进行现代化、使之焕然一新的工作。
进一步完善了继续教育、远程教育、再教育等教育体系，扩大了世界一流学者的队伍，加强了科教力量。
开拓许多新科目、改进教育内容和方法的工作也取得了巨大的进展。
在按照主体革命新时代的要求，以新的尖端科学成果大力推动社会主义强国建设的斗争蓬勃开展的背景下，能够为国家和民族的发展和人类的科学进步做出贡献的研究课题也正在胜利完成。
金日成综合大学的教师和研究员取得了许多对祖国的社会主义建设和世界科学发展具有重要意义的尖端研究成果，并在有权威的国际学术杂志上发表了阐述自己研究成果的高水平的论文。
国际学术交流工作也变得更加活跃。
金日成综合大学主办的各部门及综合性的国际学术讨论会也在年年举行,金日成综合大学的学者代表团也积极参加国外举行的各种学术讨论会。与5所大学和科学研究机构签订学术交流协议,派遣聘请教授和专家,交换实习生和留学生,还活跃进行国际性的共同研究。
金日成综合大学把已取得的成就为基础，作为党和领袖的大学,作为培养国家的民族干部、培养人才的核心基地和母体大学，圆满完成自己的使命，为跻身于世界一流大学的前列奋勇前进。
