金日成综合大学是在绝世伟人温暖关怀下成立并成长壮大的党和领袖的大学，是培养民族干部的中心基地，是科学教育的最高学府。
伟大领袖金日成同志把教育工作规定为关系到国家和民族命运的最大国事，解放后祖国最艰苦复杂的时期，创议综合大学的成立，并予以无微不至的关怀。
于是，1945年11月组织了由民主人士与有关教育人员组成的大学建设筹备会。于1946年5月，国家采取措施，组织了综合大学成立筹备委员会。
伟大领袖以自己的名义向全国各地的教师学者们寄委嘱信，解决了教师问题，规定好入学标准，并设立预科，让综合大学成为革命烈士子女和劳动人民的子女尽情学习的人民大学。伟大领袖给予深切的关怀，采取措施把平壤市最大最好的建筑物利用为大学的教学楼、宿舍楼和食堂。
金日成综合大学把1946年10月1日当做自己的成立日来纪念。
我国人民一致决定以我们民族的英雄、卓越的爱国者金日成同志的尊姓大名称呼新朝鲜第一所大学的名称。
成立当时，金日成综合大学有历史文学系、经济法学系、物理数学系、工学系、农学系、医学系、运输工学系等7个系与24个学科。在综合大学，都相禄、朴示亨、金秀京、金光进、金席亨、元洪九、申九贤、桂应祥、任禄宰等68名优秀的学者开始从事教育工作，当时学生人数为1500余名。
从1946年12月起，学生应季领到校服，从1947年9月开始领奖学金，不愁学费专心学习。学生的校服款式和帽徽是伟大领袖和抗日女英雄金正淑女士亲自制定的。综合大学的教师也年年领赐衣服和优待物资，于1949年6月，在大学附近为教师建设了住房。
到1948年，金日成综合大学的教育科学基础更加巩固。
1948年7月，金日成综合大学的工学系和运输工学系分为平壤工业大学(今金策工业综合大学)，医学系分为平壤医科大学，农学系分为平壤农业大学(今元山农业大学)。1947年5月成立研究院，1948年2月成立业余大学，1948年9月成立函授师范大学。 这样就打造了能够培养更多民族干部的基础。
到了1950年6月，成立当时的7个系发展到10个系，30个班级发展到128个班级，教师从68名发展到173名，学生从1500名发展到3800名。教师当中，产生出桂应祥、元洪九等第一批学位学衔获得者。
1948年10月10日，在龙南山岗上，伟大领袖出席下隆重举行了新教学楼竣工典礼。
1949年12月28日，金日成综合大学培养出19名第一批毕业生(物理科13名、数学科6名)，伟大领袖出席了第一届毕业典礼就祝贺第一届毕业生。
1950年6月25日，朝鲜解放战争爆发了。
1950年6月30日举行第二届毕业典礼，271名毕业生离开母校。战争一爆发，许多学生、教师与研究生院学生拿起枪杆奔赴前线，并有不少人参加政治工作队被派到南朝鲜。
在伟大领袖金日成同志的英明领导下，金日成综合大学在战火纷飞的战争年代也不曾中断教育科学工作。
1951年8月，伟大领袖已展望胜利的祖国未来，采取重大措施，把在前线进行战斗的大学生回到母校学习。
1952年4月，伟大领袖亲自到坐落在柏松里的金日成综合大学阐明了大学的战时工作方向，并指明了战后恢复建设的宏伟蓝图。
1952年12月28日，在柏松里举行金日成综合大学第三届毕业典礼，培养出了253名毕业生。
战后时期，金日成综合大学的教学楼和宿舍楼恢复工程在短时间内完成后，搬到平壤进行正常讲课。
1956年10月大学成立10周年之际，制定新大学毕业生徽章和学生徽章，并举行了第一届毕业生大会。
战后时期，金日成综合大学教职员工和学生担任西平壤体育场(金日成体育场)和大城山游园地等很多建设项目的恢复工程和建设工程，取得了辉煌成就。
在这时期，大学大力展开教育工作中树立主体，克服事大主义和教条主义的斗争，新设立核物理教研室等各种教研室，光学测仪器工厂建成投产，这样进一步加强了物质基础。
从1955年起，金日成综合大学开始进行 留学生教育。
自1960年9月至1964年3月，伟大领导者金正日同志在金日成综合大学开始进行革命活动，这成为综合大学迎来其发展的新全盛期的重要契机。
伟大领导者金正日同志于1960年4月1日考入金日成综合大学， 他在龙南山岗慷慨激昂地朗诵了一首诗——《朝鲜哟，为你争光》，它反映了时代和革命、祖国和人民面前誓下的历史性决心。伟大将军在大学时期发表的论文有1 800余篇，予以大学工作中狠抓的高贵指针。
伟大将军在大学时期做一名普通学生亲自参加了在纺织机械制造厂进行的生产实习(1961年4月21日-5月8日)、卧山洞-龙城公路扩建工程(1961年5月15日-6月4日)和在御隐洞的军事野营(1962年8月20日-10月4日)。
伟大将军在大学时期编写了《关于重新审查三国统一问题》， 《现代帝国主义特点与侵略本性》， 《关于我们党发展地方经济方针的正确性》等各部门论文，并于1964年发表了毕业论文《郡在社会主义建设中的地位与作用》。
自1960年至2010年初，金日成综合大学进一步加强成为以对党和领袖的忠诚为第一生命的金日成同志的大学、金正日同志的大学，并成为培养革命人才的典范大学。
1968年9月，金日成综合大学的龙南山岗上建立伟大领袖 金日成同志的铜像，并在主楼修建大学革命事迹馆，于1974年7月，新开馆金正日同志革命事迹馆。
物理系、数学力学系、哲学系、地质学系、自动化学系、能源科学系等各种系独自分离或新建，从而，金日成综合大学扩大发展为具备更综合性更广泛的学问结构的大学。
20世纪80年代初，金日成综合大学具有10个学系和催化剂研究所等10多所独立研究所、200多个教研室和研究室。
金日成综合大学与远东联邦大学(俄罗斯)、延边大学(中国)、大阪经济法律大学(日本)等大学积极展开学术交流，并与莫斯科国立大学(俄罗斯)、北京大学(中国)、柏林洪堡大学(德国)、巴拿马大学(巴拿马)、圣马罗谷大学(秘鲁)等许多大学进行了图书交流活动。
在伟大领袖和伟大将军的悉心指导和关怀下，1965年10月，第1号教学楼完工，1970年，藏书能力为200万册的科学图书馆建成，1972年，第2号教学楼完工。
1989年第13届世界青年学生联欢节前夕，建设了现代化体育馆，1990年中期迎接大学成立50周年，大学用地扩大，新宿舍楼建成了 。
1996年12月7日，伟大领导者金正日同志来到金日成综合大学进行现场指导，亲自查看教育科学成果资料，作了纲领性教导，并同教育者一起合影留念，还观看文艺小组的节目。
伟大将军进行现场指导以后，于1997年，大学建立大规模的白头山三大将军现场教导、现场指导碑现场教导、现场指导碑，并于2001年，大规模地建立了伟大将军亲笔题词的正门和革命事迹碑。
自20世纪90年代末至2010年，法学系、自动化学系、朝鲜语文学系升格为法律学院、计算机科学学院、文学学院，并新成立财政学院、电子自动化学系、力学系、材料科学系，从而大学规模和教育内容更加扩大。2001年成立了以培育世界一流学者为目的的社会科学研究院和自然科学研究院。2019年10月，法律学院、文学学院、财政学院、信息科学学院、山林学院、远程教育学院等学院成为法律系、朝鲜语文学系、财政金融学系、信息科学系、山林科学系、远程教育学系。
2005年，伟大将军予以巨大的恩情，新制定塑造伟大领袖形象的金日成综合大学毕业证书和毕业徽章，授予于所有的毕业生。
于2009年，伟大将军的关怀下在大学新建现代化游泳馆，于2010年在原有主楼的位置上兴建现代化的电子图书馆，并给大学致以大学亲笔题词，指明在金日成综合大学飞跃成为世界一流大学的过程中作为纲领性指针的、需要持久坚持的明确目标。自2009年3月至2010年4月，伟大将军在一年多的时间里4次来到综合大学，并视察了游泳馆、电子图书馆和教育科学展览馆。
敬爱的最高领导者金正恩同志于2009年12月10日和2010年4月12日陪同伟大将军来到综合大学进行现场指导。
2010年5月，平壤医科大学、沙里院桂应祥农业大学、平壤农业大学归属于金日成综合大学董事会，于2019年10月再分家。
随着进入主体革命的新时代，金日成综合大学在敬爱的最高领导者金正恩同志的温暖关怀下，取得了名垂大学史册的新成果。
敬爱的最高领导者金正恩同志根据革命发展的新要求，为了把金日成综合大学建设成为世界一流大学、我国教育科学研究中心、国际学术交流的据点，倾注了巨大的心血。
于2011年12月30日，敬爱的最高领导者同志过目金日成综合大学教师、研究人员呈献的书信，并致亲笔题词，给予恩情，鼓舞大学教师和研究人员一致奋起投入建设世界一流大学。
于2013年10月1日，在金日成综合大学隆重举行伟大 领导者 金正日同志的铜像揭幕典礼，并新建的革命事迹馆也开馆了。
于2010年4月，敬爱的最高领导者同志新制定塑造伟大领袖和伟大将军太阳像的金日成综合大学学生校徽，于2013年，亲自批准金日成综合大学徽章图案。
于2016年9月27日，敬爱的最高领导者金正恩同志致题为《主体革命新时代金日成综合大学的基本任务》历史性书函，向迎接大学成立70周年的大学全体教职员工和学生表示热烈的祝贺，总结大学走过来的70年历史，明确指出主体革命新时代金日成综合大学前进的道路。
遵循伟大将军的遗训，敬爱的最高领导者金正恩同志指示在金日成综合大学附近建设两栋高层教师住宅楼房，并亲自来临工地三次，予以深切的关爱，于2013年10月，向综合大学的教育者给予300余户高档住房。于2017年，兴建黎明大街后再次把1700多户住房给予综合大学的教师、研究人员。进入2010年以来，大学兴建第3号教学楼、第4号教学楼、化学系教学楼、新宿舍楼和食堂，并推进第2号教学楼、宿舍楼，印刷厂的现代化工作，大学面貌焕然一新。
连续教育、远程教育、继续教育等教育体系更加完善，世界一流学者增加等大学的科学教育力量更加得到加强。大学开拓许多新科目领域，并在改善教育内容和方法的领域上取得了巨大的成就。
在根据主体革命的新时代要求，大力开展以新的高科技成果大力推动社会主义建设的斗争中，成功地完成了为国家和民族的发展，为人类科学进步而做出贡献的许多成果。
金日成综合大学的教师和研究人员正在为建设祖国的社会主义和发展世界科学取得具有重要意义的高科技研究成果，并近几年来在NATURE系列杂志和SCI级杂志上发表了很多叙述自己研究成果的高水平论文。
国际学术交流也进行得更加活跃。金日成综合大学历年举办部门性以及综合性国际学术研讨会，而且金日成综合大学学者代表团积极参加国外举行的各种规模、各种主题的学术研讨会。与10多个国家的200多所大学以及科学研究机构签订学术交流协议，委派客座教授和专家，并交换进修生和留学生，积极进行国际共同研究。
