金日成综合大学有社会科学和自然科学部门的学系和研究所，还有许多保障部门。
金日成综合大学的社会科学指导部和自然科学指导部、教务部等行政管理部门对教师和研究人员进行管理指导，并对在校园内树立有秩序的工作体系和教育纪律。
社会科学部门与自然科学部门的学系按照科学的全面发展趋势与国家的社会经济发展的要求，相互紧密联系、密切合作，开拓新的边缘科学，培养优秀人才。
大学里很多研究所，实现教育、科学研究和生产的一体化的工作中取得了许多成果。
教师和研究人员所取得的教育科学成果里也蕴含着后勤管理部门、出版社、印刷厂等保障部门职工的努力。
如今，金日成综合大学不断地发展成为以紧密结合教育和科学研究，培养创造性人才，创造尖端科学理论与技术为基本的大学。
