金日成综合大学与北京大学(中国)等世界上的诸多大学建立了姊妹关系，并进行着学术交流。
迄今为止与金日成综合大学结成姊妹关系的大学如下：
亚洲
北京大学(中国)
延边大学(中国)
南京大学(中国)
吉林大学(中国)
哈尔滨工业大学(中国)
辽宁大学(中国)
青岛科技大学(中国)
人民大学(中国)
复旦大学(中国)
上海大学(中国)
湖南师范大学(中国)
天津大学(中国)
大马士革综合大学(叙利亚)
河内国立综合大学(越南)
蒙古国立综合大学(蒙古)
印度尼西亚国立综合大学(印度尼西亚)
欧洲
莫斯科国立综合大学(俄罗斯)
远东联邦综合大学(俄罗斯)
新西伯利亚国立综合大学(俄罗斯)
萨哈林国立综合大学(俄罗斯)
远东国立水产技术综合大学(俄罗斯)
地拉那综合大学(阿尔巴尼亚)
柏林洪堡综合大学(德国)
柏林自由综合大学(德国)
索菲亚综合大学(保加利亚)
东方语言与文化国立大学(法国)
贝尔格莱德综合大学(前南斯拉夫(当时))
科门斯基综合大学(捷克斯洛伐克(当时))
卡雷综合大学(捷克斯洛伐克(当时))
美洲
哈瓦那综合大学(古巴)
圣马科斯综合大学(秘鲁)
巴拿马综合大学(巴拿马)
洪都拉斯国家自治综合大学(洪都拉斯)
圣多明各自治综合大学(多米尼加)
非洲
开罗综合大学(埃及)
索马里国立综合大学(索马里)
阿尔及尔第一综合大学(阿尔及利亚)
